El equipo del MIM está conformado por profesionales, administrativos y técnicos de las más variadas disciplinas.
Las áreas de trabajo dentro del Museo son:
Dirección: Coordina y gestiona a las distintas áreas. Se ocupa del cumplimiento del rol social del MIM, a través de tarifas preferenciales y programas sociales.
Educación: Genera el contenido y la metodología de enseñanza - aprendizaje para las exhibiciones y actividades complementarias, cuyas directrices están dadas por un equipo multidisciplinario que conforma el área de Contenidos. Además tiene a cargo los Programas Nacionales de Itinerancia, y Capacitación de Profesores, así como la atención diaria del Museo liderada por los Supervisores, Monitores y Guías.
Desarrollo: Diseña las exhibiciones y muestras interactivas del MIM, considerando los contenidos y metodologías definidos por Educación. Desarrolla y sustenta el registro de proveedores de exhibiciones interactivas. Resguarda la propuesta arquitectónica de todas las instalaciones que conforman el Museo y su parque. Es contraparte técnica en mejoramientos o cambios del entorno al MIM. Se organiza en Diseño y Producción de Prototipos y Arquitectura.
Operaciones: Fabrica la mayoría de las exhibiciones del MIM, y se encarga de su mantención. Vela por el funcionamiento de las instalaciones del Museo y el cuidado del parque, ocupándose de los servicios de aseo, seguridad y jardines. Lidera la prevención de riesgos y provee servicios al visitante. Se organiza en Producción y Exhibiciones, Instalaciones, Servicios Generales y Seguridad Industrial.
Comercial: Gestiona alianzas y actividades con diversas entidades privadas y públicas, para la consecución de recursos. Gestiona las visitas de colegios y entidades sociales. Diseña y produce la visualidad corporativa del Museo y mantiene la marca MIM. Lidera la gestión del Comité de Calidad y de la atención al visitante. Se organiza en Plataforma Comercial, Reservas de Colegios e Imagen Corporativa.
Comunicaciones: Difunde el MIM y sus actividades a través de los medios de comunicación. Es el interlocutor ante consultas o sugerencias de los visitantes del Museo y de la página web. Informa al personal del Museo acerca de las noticias institucionales y de interés común. La integra un equipo de periodistas.
Administración y Finanzas: Administra y controla los activos y recursos financieros del MIM; se encarga de la contabilidad, tesorería, atención de cajas, adquisiciones y bodega. Provee los servicios informáticos de la institución. Se organiza en Administración, Contabilidad General e Informática.
División Personas: Implementa las políticas y procesos asociados a la obtención, mantención, evaluación, capacitación y desarrollo del personal. Sostiene procesos organizacionales para la mejora continua. Coordina las relaciones con el Sindicato. Se organiza en Asistencia a Personas, Mantención, Capacitación y Desarrollo.
Comité de Calidad: Genera propuestas y realiza el seguimiento a los proyectos del Museo en materia de atención al visitante, con el objetivo de brindar un servicio de excelencia.